La Fundación Centro Nacional del Medio Ambiente se constituye en el año 1995, como resultado de la suscripción de un proyecto de Cooperación Técnica Internacional entre los gobiernos de Chile y Japón con el objetivo de entregar apoyo científico técnico al Estado de Chile para la formulación e implementación de políticas de protección ambiental del país a través de la generación e información científica y tecnológica, la formulación de proyectos de investigación y desarrollo en materias ambientales y programas de capacitación y entrenamiento.

En este desafío país han intervenido directamente, con una personal y activa participación, los  presidentes Patricio Aylwin Azocar en la fase de diseño e inicio del proceso de negociación con el Gobierno Japonés; el presidente Eduardo Frei Ruiz Tagle quien culminó las negociaciones y suscribió el Convenio de Cooperación Internacional en materia ambiental que dio origen a CENMA; y la presidenta Michelle Bachelet Jeria,  quien retomó la concepción fundacional de la institución, apoyando y financiando un programa de transformación estratégica del CENMA, para que éste alcance un nivel científico técnico de aseguramiento de  la calidad de sus monitoreos, muestreos  y análisis, que lo conviertan técnicamente en el Centro Nacional de Referencia Ambiental del País; CENRA.

CENMA es administrada por la Universidad de Chile, desde su creación, a través de un Consejo Directivo presidido por el rector de la Universidad de Chile e integrado por los decanos de las Facultades de : Ciencias Físicas y Matemáticas, Medicina, Ciencias, Química y Farmacia, Arquitectura y Urbanismo, Ciencias Agronómicas.

Objetivo General.

Desarrollarse de manera continua en  una institución nacional con nivel de referencia orientada a brindar apoyo científico técnico al ESTADO de Chile y a los organismos públicos con competencias ambientales, en las áreas de análisis, muestreos, monitoreos, procesamiento de datos,  como también para la elaboración e implementación de regulaciones y estándares ambientales, control y fiscalización ambiental, capacitación y difusión.